ABSTRACT
Multiple factors such as genetic and environmental, are involved in causing hearing impairment (HI). Severe or profound hearing loss affects approximately one in 1000 children worldwide and half of these cases are due to genetic factors. In case of hereditary nonsyndromic HI, approximately 7580% of cases are involved in autosomal recessive inheritance and 15% of cases involve autosomal dominant inheritance. HI represents extreme genetic heterogeneity. In nonsyndromic deafness, 135 loci have been mapped till now including 77 autosomal recessive genes of which only 29 corresponding nuclear genes have been cloned. This study was designed to apply bioinformatic approach for reducing large number of candidate genes responsible for deafness to a handy number for their mutation analysis. Databases of expressed mouse inner ear genes and the expressed human cochlear genes were used to cross-reference all genes present in particular locus predicting candidate genes for phenotypes of nonsyndromic hereditary HI. These candidate genes are a source of starting point for mutation analysis along with genetic linkage to refine the loci. After characterization, it was observed that KIAA119 and EDN3 are candidate genes for deafness. In present study, there were total 14 loci and two genes KIAA119 and EDN3 were identified as candidate genes in locus 48 and locus 65 respectively. If mutation analysis of the two characterized genes is done, it will not be a comparatively time taking and labor-intensive process as these genes are only two in number.
Diversos fatores, tais como genéticos e ambientais, estão envolvidos na causa da deficiência auditiva (HI). A perda auditiva severa ou profunda afeta aproximadamente uma em cada 1000 crianças em todo o mundo e metade destes casos são devidos a fatores genéticos. Em relação a HI não-sindrômica hereditária, cerca de 75-80% dos casos estão envolvidos na herança autossômica recessiva e 15% dos casos envolvem herança autossômica dominante. HI representa extrema heterogeneidade genética. Em casos de surdez, 135 loci foram mapeados até agora, incluindo 77 genes autossômicos recessivos das quais apenas 29 genes correspondentes nucleares foram clonados. Este estudo foi desenhado para aplicar abordagem de bioinformática a fim de reduzir o grande número de genes candidatos responsáveis pela surdez a um número útil para a análise de mutação. Bases de dados de genes expressos do ouvido interno em camundongos e de genes expressos na cóclea em humanos foram usados para cruzar todos os genes presentes no locus específico prevendo genes candidatos para os fenótipos de HI não sindrômica hereditária. Estes genes candidatos são uma fonte de ponto de partida para a análise de mutação, juntamente com a ligação gênica para refinar os locos. Após a caracterização, verificouse que KIAA119 e EDN3 são genes candidatos para a surdez. No presente estudo, houve um total de 14 locos e dois genes KIAA119 e EDN3 foram identificados como genes candidatos no locus 48 e locus 65, respectivamente. Se a análise de mutação dos dois genes caracterizados for feita, não será um processo comparativamente longo e trabalhoso uma vez que são apenas dois genes.